Liturgikus ünnepét már a szentté avatást követő évben felvették a római naptárba: december 3-ára került.
Xavéri Szent Ferencet többnyire vándorbottal, kezében kis feszülettel vagy nyomorúságos kunyhóban, magára hagyott haldoklóként szokták ábrázolni. Közbenjárását tengeri utazások során, pestisjárvány idején, a halál óráján kérik. Nápoly városa 1656-ban dühöngő pestis idején kezdte patrónusként tisztelni – olvasható Bálint Sándor Ünnepi kalendáriumában.
1709-ben, a pestisjárvány idején Buda is védőszentjének választotta. Magyarországi tiszteletének egyik első nyoma Szepes fogadalomból épült Xavér-kápolnája, Bársony György prépost felajánlása (1669). A XVIII. században épült magyarföldi jezsuita templomok közül őt választotta pártfogóul Trencsén (1684), Szakolca (Skalica) (1724), Rozsnyó (1660 táján) és Besztercebánya. Ez utóbbiból később püspöki székesegyház lett, a szentből az új egyházmegye patrónusa. Kőszeg középkori Jakab-temploma a barokk időkben a jezsuitáké volt, egyik kápolnáját neki szentelték. Népszerű szentelménnyé vált a Xavér olaja (oleum de lampade Oberburgensis S. Xaverii) – messze földről is eljöttek érte.